《环境工程微生物学》是环境工程专业规范中确定的一门核心课程，是本专业必修课之一。学生通过该门课程的学习，掌握病毒、原核微生物、真核微生物、微生物的生理、微生物生长繁殖、遗传变异等微生物学基础知识，微生物生态及微生物在环境物质循环中的作用，微生物学技术在环境工程中的应用及原理。通过环境工程微生物学理论的学习，结合实验，培养学生掌握生物处理技术中所需的微生物学原理和方法，能够利用微生物学原理分析和解决环境工程中的机理问题，为后续的《水污染控制工程》、《大气污染控制工程》、《固体废物资源化工程》、《环境监测》等专业课学习打下良好基础, 使学生系统了解掌握污水、废气、固体废弃物生物处理以及环境生物监测所必需的环境工程微生物基础知识，并为生物处理及生物监测提供新的思路和方法，为在这些方向上理论创新和技术创新提供生物学知识，具有应用科学知识的能力。
课程目标：
1、通过各个教学环节，使学生掌握环境工程所需要的生物技术知识，并能够运用于识别、表述生物处理技术的特征。
2、培养学生能基于环境工程微生物学的基本原理和生化反应数学模型方法，表达复杂环境工程问题的能力。
3、培养学生具有生物技术基础知识，掌握设计特定生物处理单元（部件）或工艺流程的基本知识，了解影响设计目标和技术方案的生物学因素。
绪论
第一讲 微生物的分类与命名
第二讲 微生物的特点
绪论 导读
单元测试 绪论
绪论 作业
第一章 非细胞结构的超微生物——病毒
第一讲 病毒的特征、分类、形态结构、繁殖
第二讲 病毒对理、化因素、抗菌物质的抵抗力，及污水处理中的去除效果
噬菌体在环境生物修复中的应用
单元测试 病毒
第二章 原核微生物
第一讲 古菌、细菌的个体形态
第二讲 细菌细胞的大小
第三讲 细菌的结构（上）
第四讲 细菌的结构（下）
第五讲 细菌在固体培养基中的培养特征及其他的原核微生物
单元测试 原核微生物
第三章 真核微生物
第二讲 微型后生动物
第三讲 藻类、真菌
第一讲 原生动物
单元测试 真核微生物
第四章 微生物的生理
第一讲 微生物的酶
第二讲 微生物的营养
第三讲 微生物的代谢
测试 微生物的生理
第五章 微生物生长繁殖与生存因子
第一讲 微生物的生长
第二讲 微生物的生存因子
第三讲 微生物间的关系，菌种退化、复壮与保藏
单元测验 微生物生长繁殖与生存因子
第六章 微生物的遗传与变异
微生物的遗传和变异
单元测验 微生物的遗传和变异
第七章 微生物的生态
第一讲 土壤微生物生态
第二讲 空气、水体微生物生态
单元测试 微生物的生态
第八章微生物在环境物质循环中的作用
微生物在环境物质循环中的作用
单元测试 微生物在环境物质循环中的作用
第九章 水环境污染控制与治理的生态工程及微生物学原理
第一讲 污废水生物处理中的生态系统
第二讲 活性污泥丝状膨胀的成因
第三讲 活性污泥丝状膨胀控制对策
作业 水环境污染控制与治理的生态工程及微生物学原理
单元测验 水环境污染控制与治理的生态工程及微生物学原理
第十章 污、废水深度处理和微污染水源水预处理中的微生物学原理
第一讲 污废水脱氮除磷微生物学原理
第二讲 微污染水源预处理微生物学原理、人工湿地中微生物的作用
AAO工艺
第十一章 有机固体废弃物与废气的微生物处理及其微生物群落
有机固体废弃物与废气的微生物处理及其微生物群落
单元测试 有机固体废弃物与废气的微生物处理及其微生物群落
第十二章 微生物学新技术在环境工程中的应用
微生物学新技术在环境工程中的应用（1）
基因工程在环境中的应用
微生物与环境修复