这门课是进行环境工程、环境科学、给排水专业专业课程学习的基础。只有了解了环境中的微生物和微生物的作用，我们才可以更好理解水体污染和自净、环境中污染物的转化、污水生物处理和有机固体废物的生物处理、污染水环境和土壤的生物修复的原理和高效处理需要注意的条件。
这门课程涉及的是大家生活环境中就广泛接触到的、肉眼看不见的微生物。虽然大家对细菌和病毒等典型微生物有不少感性认识，但缺乏系统的了解，可能还不清楚其在环境中是如何发挥对我们有益的作用及有害的地方。那么通过这门课的学习，这些问题，大家一定会有更深入和系统的认识。
这门课主要是描述性的，没有数学公式和化学公式，也不需要推导，但对于微生物的代谢，还是需要有一定的有机化学和生物基础的。课程中会有一些微生物的照片，是大家可以一睹微生物的“真容”。更多是我们在已有的对人和动物、植物代谢的基础上，对微生物的进一步了解。
第一章 绪论
1.1 环境工程与微生物
1.2 微生物的特点与应用
从细菌·微生物到人·自然——华大基因公司首席执行官尹烨先生的生命观
讨论（一）
绪论作业
本章小测验
第二章 原核微生物
2.1细菌
关于细菌
2.2 其它原核微生物—放线菌
本章讨论话题
讨论话题（二）
讨论话题（三）
讨论话题（四）
本章小测验
第三章 真核微生物
3.1 霉菌与酵母菌
3.2 原生动物
3.3 微型后生动物与真核藻类
讨论话题（三）
第四章 病毒
病毒
讨论话题（四）
第五章 微生物的营养
5.1 微生物细胞的化学物质组成
5.2 微生物的营养及其功能
5.3 培养微生物的营养基地
5.4 污水处理与微生物营养的关系
讨论话题（五）
第六章 微生物的代谢
6.1 微生物的酶及酶促反应
6.2 微生物的产能代谢
讨论话题（六）
第六章测验
第七章 微生物的生长繁殖及其控制
7.1 微生物的生长与繁殖
7.2微生物的生长特性规律在污水生物处理工程中的应用
7.3 环境因素对微生物生长繁殖的影响
7.4 对有害微生物生长的控制
讨论话题（七）
第七章小测验
第八章 微生物生态
8.1 自然环境中的微生物
8.2 水体污染与自净
第九章 微生物在物质循环中的作用
9.1 对环境中含碳物质的转化
9.2 对含氮物质的转化
9.3 微生物对含硫、铁等物质的转化
9.4 微生物对有毒物质的降解与转化
第十章 污（废）水生物处理微生物学原理
10.1 生物处理基本原理
10.2 污废水生物处理中的微生物存在状态
10.3 厌氧生物处理
第十一章 污（废）水脱氮除磷
11.1 废水生物脱氮原理
11.2 废水生物除磷原理
第十二章 水中病原微生物与消毒
12.1水中病原微生物
12.2 水的消毒