课程简介
近年来，随着人类基因组计划（HGP）在世界范围内的实施，产生了大量的基因组信息，面对如此海量的组学信息我们该如何分析？如何从中获得有价值的信息呢？
本门课程将会详细讲解常用的生物数据资源使用，以及测序数据和芯片数据的处理方法，功能富集分析，ncRNA的调控机制，网络特征属性及模块的识别方法，以及几种常用的生物数据可视化方法，RNA测序流程，了解蛋白质结构预测，ncRNA靶基因数据库，表观遗传学与遗传学的关系。
课程大纲
绪论
- 1.1 生物组学大数据与精准医学
生命组学数据资源
- 2.1 生命组学数据资源简介
- 2.2 NCBI数据资源简介及使用
- 2.3 GEO数据资源简介及使用
- 2.4 TCGA数据资源简介及使用
- 2.5 小结
序列比对与序列注释
- 3.1 序列数据的获取
- 3.2 小结
转录组数据分析
- 4.1 差异表达基因识别
- 4.2 表达谱聚类分析
- 4.3 表达谱分类分析
- 4.4 小结
基因注释与功能分类
- 5.1 功能及功能数据库简介
- 5.2 基因功能数据库-GO
- 5.3 基因功能数据库-KEGG
- 5.4 功能富集分析原理与算法
- 5.5 功能富集分析的实现
- 5.6 小结
非编码RNA识别与功能分析
- 6.1 ncRNA简介
- 6.2 ncRNA相关疾病数据库
- 6.3 ceRNA互作的识别
- 6.4 小结
生物分子网络
- 7.1 生物分子网络的概念和分类
- 7.2 生物分子网络的拓扑属性—连通度和聚类系数
- 7.3 生物分子网络的拓扑属性—网络的直径和节点介数
- 7.4 生物分子网络模块识别
- 7.5 小结
单核苷酸多态（SNP）与非编码RNA
- 8.1 非编码RNA多态性的概念和研究内容
- 8.2 常用复杂疾病相关miRNA和lncRNA遗传多态的生物信息学识别方法
- 8.3 小结
表观遗传学
- 9.1 表观遗传学简介
- 9.2 复杂疾病中DNA甲基化计算分析
- 9.3 复杂疾病中组蛋白修饰计算分析
- 9.4 复杂疾病中增强子计算分析
- 9.5 小结
蛋白质结构与功能分析
- 10.1 蛋白质结构与功能分析简介
- 10.2 结构预测
- 10.3 功能预测
- 10.4 小结
生命组学大数据可视化
- 11.1 生命组学数据可视化原理
- 11.2 基因组数据可视化——circos图
- 11.3 表观基因组数据可视化——WashU Epigenome Brower
- 11.4 调控组数据可视化——基因调控网络
- 11.5 小结
药物基因组信息学
- 12.1 药物组学资源与数据库
- 12.2 识别药物靶点方法
- 12.3 药物重定位
- 12.4 药物个性化治疗
- 12.5 小结
关
注
我
们