生物信息技术是基于生物信息学的、更加注重技术应用的一门课程。而生物信息学是生命科学领域一门新兴的交叉学科,综合了生物学、计算机学、信息学、统计学等方面的知识。生物信息技术在学生学习了生物化学、分子生物学以及计算机应用、高等数学等相关知识的基础上开设,是深入理解分子生物学和从事前沿生物类研究的必备基础。本课程的主要内容包括生物信息数据库、序列比对、系统发生树的构建、蛋白质的结构与功能预测,以及微生物群落分析。课程主要通过大量实例的讲解,结合多媒体资源,帮助学生快速掌握生物信息技术的核心内容。通过学习,学生能够利用海量专业工具对生物信息进行检索、分析、解读和预测。本课程主要针对生物类专业的工科学生开设,也可以为生命科学、农学、医学、信息科学等相关专业本科生、硕士生、博士生各阶段的同学,以及生物领域的科研工作者提供参考。
四川大学《生物信息技术》课程组
第一章 绪论
1.1 生物信息技术是什么
1.2 生物信息技术学什么
第二章 生物数据检索
第一单元测试
第二章 生物数据检索
2.2 核酸数据库
2.3 基因组数据库
2.4 蛋白质数据库
第二单元测验
第三章 序列比对
3.1 序列比对的重要概念
3.2 双序列比对(第一部分)
第三单元测验
第三章 序列比对(第二部分)
3.2 双序列比对 (第二部分)
3.3 BLAST
3.4 多序列比对
第四单元测验
第四章 系统发生树
4.1 系统发生学的重要概念
4.2 BLAST构建进化距离树
4.3 系统发生树的构建
4.4 MEGA构建系统发生树
第五单元测验
第五章 蛋白质功能和结构预测
5.1 蛋白质与蛋白质组
5.2 蛋白质功能预测
5.3 蛋白质结构预测
5.4 蛋白质结构可视化
第六单元测验
第六章 微生物群落分析
6.1 微生物及微生物多样性
6.2 微生物群落样本的测序
6.3.测序质量评估
6.4 物种组成分析
6.5 Alpha多样性分析
6.6 Beta多样性分析
第七单元测验