现代发酵工程是在传统发酵工业的基础上，融入了分子生物学、系统生物学以及基因工程、细胞工程、代谢工程等新理论和新技术，应用领域逐步由医药、食品、轻工等领域扩展到化工、冶金、能源以及环境等新领域。现代发酵工程主要是以发酵工程的工业应用为主线，以系统介绍发酵工业所必需的发酵工程理论和实践知识为特色，内容包括以下几个方面：
发酵工业菌种：发酵工业菌种的概述、发酵工业菌种的分离筛选、发酵工业菌种鉴定、发酵工业菌种改良；工业发酵培养基设计：发酵工业培养基的基本要求、发酵工业培养基的成分及来源、微生物的培养基类型、发酵培养基的设计与优化；发酵工业的无菌技术：发酵工业的无菌处理、发酵工业污染的防治策略、发酵工业的无菌技术、发酵培养基及设备灭菌、空气除菌；发酵工业种子制备：种子制备原理与技术、影响种子质量的因素、种子质量的控制措施、种子制备的放大原理与技术；发酵工业中氧的供需：微生物对氧的需求、发酵过程中氧的传递、KLa测定原理与方法；发酵过程控制：发酵过程控制概述、温度、pH、溶解氧、CO2、基质浓度、通气搅拌、泡沫等对发酵过程的影响及其控制、发酵过程自动控制技术；发酵产品生产的实验设计等方面。
通过学习，可使学生全面掌握发酵产品的生产原理与技术应用、新工艺的研究和开发打下良好的理论与技术基础。
现代发酵工程在以淀粉、纤维素等可再生资源为原料的“C-O经济”发展过程中处于中坚地位，是经济转型和产业结构调整的工业核心技术。因此，发酵工程在现代工业发展中前景广阔，学习和发展现代发酵工程理论和技术具有重要意义。